La Honda ha dotato il Dio Z4 del miglior propulsore a 4 tempi che potesse concepire, ricco di tecnologia e novità, ma soprattutto potente che lo mette in diretta concorrenza con i motori a due tempi. Il motore dello Z4 è infatti estremamente robusto e tecnologicamente avanzatissimo, dotato di 4 valvole in testa, raffreddato a liquido (SOHC), sistema di iniezione PGM-FI abbinato ad un esclusivo sistema catalizzante.

Il nuovo motore monocilindrico 50cc 4 tempi ha quindi quattro valvole con cammes in testa per garantire una potenza massima degna di un due tempi (6 cavalli circa) ma con dei valori di coppia migliori e più omogenei. L'accelerazione quindi è ottima anche a pieno carico e, in qualsiasi condizione, la ripresa fino alla massima velocità sarà sempre brillante che è elettronicamente limitata a 60 Km/h dalla centralina digitale.

La tecnologia dello Z4 non finisce qui... Il rivoluzionario sistema di accensione non utilizza più i classici motorini di avviamento a spazzole, ma un piccolo generatore che vi permetterà di avviare il motore in totale silenziosità. Naturalmente, anche con batteria totalmente scarica, l' Honda Dio Z4 può essere avviato a pedale, garantendo quindi la massima affidabilità anche perchè il tutto è assistito da una speciale mappatura della centralina che necessità di pochissima elettricità per funzionare. La novità più importante è comunque rappresentata dal sistema di iniezione elettronica rpogrammata PGM-FI, solitamente impiegata su motori molto più grandi, che può vantare un grande risparmio di carburante (si percorrono circa 50 Km con un litro) e ottime prestazioni. Anche la valvola di immissione dell'aria al minimo (IACV) è innovativa e, con il contributo della centralina ECU, analizza costantemente la pressione atmosferica e la temperatura dell'aria aspirata in ogni condizione. Il piccolo radiatore in alluminio è montato lateralmente al motore e non nella carrozzeria anteriore, sempre per rendere tutto più semplice, meno ingombrante (niente tubi lungo lo scooter) ma soprattutto più leggero. Il nuovo sistema catalizzante non risulta solamente più compatto, ma è anche più preciso nelle funzioni di monitoraggio e controllo, sì da ottenere emissioni così ridotte da risultare già conformi anche ai severissimi standard di futura applicazione.